秘书处是本组织常设行政机构，设在北京。在这里，中亚国家、俄罗斯和中国特点鲜明的文化相互融合。15年来，工作人员相互帮助、彼此协调，确保了本行政系统稳定运行。

秘书处由秘书长领导。秘书长由国家元首理事会会议根据外交部长理事会会议的推荐任命。秘书长由各成员国公民按其国名俄文字母排序轮流担任，任期三年，不得连任。副秘书长由外交部长理事会会议根据国家协调员理事会的推荐任命。秘书处官员以定额原则为基础，由雇佣的成员国公民但任。

秘书处为本组织的活动提供协调、信息分析、法律和组织技术保障。

秘书处根据上合组织条约法规文件协调本组织同观察员国和对话伙伴合作，就涉及本组织活动的问题同其他国家和国际组织联系，以及经成员国同意，就上述目标缔结相关文件。秘书处还可根据规范其活动的条约法规文件，同上合组织框架下的非政府机构开展合作。组织和协调上合组织观察员团观察总统和/或议会选举以及全民公决的活动。

秘书处定期为平面和电子媒体代表举行吹风会；制作和发行秘书处通讯；维持秘书处网站运作；经商成员国同意，在预算拨款范围内签订一次性合同，招聘学术专家完成本组织感兴趣的课题研究工作，并举办学术研讨会议。

秘书处为本组织框架内制定的条约和法规文件提供前期法律及财务评估；行使保存本组织框架内通过的文件的职能，核对并向成员国及本组织反恐机构（如文件涉及该机构）提交核对无误的文件副本。